Beşinci imam “Baqir” ləqəbilə tanınan Muhəmməd ibn Əli ibn Hüseyn (ə) 57-ci (və yaxud 58-ci) hicri-qəməri ilində dünyaya göz açmışdır. Yəqubi o həzrətdən belə nəql edir: “Cəddim Hüseynin (ə) şəhadəti zamanı mən dörd yaşında idim və o həzrətin necə şəhid edildiyini və başımıza gələnlərin hamısını xatırlayıram.” (“Tarixi-Yəqubi”, c. 2, s. 320.)

Atası imam Zeynəlabidinin (ə) şəhadəti zamanı imam Baqirin (ə) 37-38 yaşı var idi. Anası isə imam Həsənin (ə) qızı Ümmü-Əbdüllahdır. Buna görə də, imam Baqir (ə) həm ata, həm də ana tərəfdən imam Əli (ə) və xanım Zəhraya (s) çatan ilk şəxsdir. İmam Baqir (ə) 114-cü hicri-qəməri ilində İbrahim ibn Vəlid ibn Əbdülməlik tərəfindən zəhərlənərək şəhadətə yetmiş və “Bəqi” qəbiristanlığında atası imam Zeynəlabidin (ə) və babası imam Həsənin (ə) qəbirləri kənarında dəfn olunmuşdur. O həzrətin imamət dövrü on doqquz və ya iyirmi il olmuşdur.